1996માં પ્રથમ વખત તેઓ માત્ર 13 દિવસ માટે વડાપ્રધાન રહ્યા હતા. તેઓ 1998માં બીજી વખત વડાપ્રધાન બન્યા, પરંતુ તે સરકાર પણ 13 મહિના સુધી ચાલી. ત્રીજી વખત તેઓ 1999થી 2004 સુધી વડાપ્રધાન રહ્યા.
થોડા સમયમાં અટલ બિહારી વાજપેયીએ બે બોટ પર સવારીનું રાજકારણ શરૂ કર્યું. એક તરફ તેઓ નેહરુના ઉદારવાદના સમર્થક હતા તો બીજી તરફ તેઓ આરએસએસની હિંદુત્વની રાજનીતિના પણ સમર્થક હતા. હવે કોઈને એ વાતની ખબર નથી કે તેમણે આ માત્ર રાજકીય લાભ માટે કર્યું હતું કે પછી આનું બીજું કોઈ કારણ હતું.
તે સમયગાળો કોંગ્રેસની રાજકીય દબદબોનો હતો. આવી સ્થિતિમાં કદાચ વાજપેયીને આ પદ્ધતિ જ યોગ્ય લાગી હોઈ શકે, જેના દ્વારા તેઓ સંઘની વિચારધારા સાથે સહમત ન હોય તેવા લોકોને લાવી શકે. પરંતુ, વાજપેયીના આ પ્રયાસનું પરિણામ એ આવ્યું કે દક્ષિણપંથી રાજનીતિ ભારતીયોના એક મોટા વર્ગને પસંદ આવી.
અટલ બિહારી વાજપેયી વિશે લોકો કહે છે કે તેઓ ઘણા સારા માણસ હતા, પરંતુ ખોટી પાર્ટીમાં હતા. પરંતુ એવું નથી. રોબિન જ્યોફ્રી જેવા વિદ્વાનો અને સ્વતંત્ર રાજકીય વિશ્લેષકો જ નહીં, પરંતુ રાજકારણમાં વાજપેયીના સમકાલીન લોકો પણ તેમના વિશે સમાન અભિપ્રાય ધરાવે છે.
1960ના દશકના લોકો વાજપેયીને યાદ કરતાં તેઓ કહે છે કે વાજપેયી તે સમયગાળામાં પણ ઝડપથી આગળ વધતા હિન્દુત્વના નેતા હતા. તે સમયગાળામાં વાજપેયી ઘણી વખત મુસ્લિમો વિરુદ્ધ તીક્ષ્ણ નિવેદનો આપતા હતા. અટલ બિહારી વાજપેયી તે વ્યક્તિત્વ હતા, જેમનું કલ્યાણ આરએસએસની શાળામાં અને તે પહેલાં પણ આર્ય સમાજ જેવી સંસ્થાઓમાં થયું હતું.