જગન્નાથજીની મૂર્તિ અન્ય મોટા ભાગના હિન્દુ મંદિરોની મૂર્તિઓથી સંપૂર્ણપણે અલગ છે. સામાન્ય રીતે મંદિરોમાં ભગવાનની મૂર્તિઓ પથ્થર અથવા ધાતુમાંથી બનાવવામાં આવે છે, પરંતુ જગન્નાથ મંદિરમાં ભગવાન જગન્નાથ, ભાઈ બળભદ્ર અને બહેન સુભદ્રાની મૂર્તિઓ પવિત્ર નીમના લાકડામાંથી બનાવવામાં આવે છે. ધાર્મિક માન્યતા મુજબ આ લાકડું 'દારુ બ્રહ્મ' તરીકે ઓળખાય છે અને વિશેષ વિધિ તથા ચોક્કસ ધાર્મિક નિયમોનું પાલન કરીને પસંદ કરવામાં આવે છે. નિશ્ચિત સમયાંતરે 'નવકલેબર' વિધિ દરમિયાન જૂની મૂર્તિઓના સ્થાને નવી લાકડાની મૂર્તિઓ સ્થાપિત કરવામાં આવે છે. મૂર્તિઓ અધૂરી કેમ છે તે અંગે પણ એક પ્રચલિત પૌરાણિક કથા છે. માન્યતા અનુસાર રાજા ઇન્દ્રદ્યુમ્ને ભગવાનની મૂર્તિ બનાવવાનું કાર્ય દેવ શિલ્પી વિશ્વકર્માને સોંપ્યું હતું. વિશ્વકર્માએ શરત મૂકી હતી કે તેઓ એકાંતમાં કામ કરશે અને કામ પૂર્ણ ન થાય ત્યાં સુધી કોઈ દરવાજો ખોલશે નહીં. પરંતુ ઘણા દિવસો સુધી અંદરથી કોઈ અવાજ ન આવતા રાજાએ ઉત્સુકતાવશ દરવાજો ખોલી દીધો. પરિણામે વિશ્વકર્મા અદૃશ્ય થઈ ગયા અને મૂર્તિઓ હાથ-પગ સંપૂર્ણ બનતા પહેલાં જ અધૂરી રહી ગઈ. ત્યારથી આ જ સ્વરૂપમાં ભગવાનની પૂજા કરવામાં આવે છે. ધાર્મિક દૃષ્ટિએ આ અધૂરું સ્વરૂપ એક ઊંડો સંદેશ પણ આપે છે. ભક્તો માને છે કે ભગવાનનું સ્વરૂપ ભૌતિક પૂર્ણતા કરતાં ભાવના, ભક્તિ અને વિશ્વાસનું પ્રતીક છે. લાકડાની મૂર્તિ જીવનના પરિવર્તન અને નશ્વરતાનું પ્રતિક માનવામાં આવે છે, જ્યારે અધૂરું સ્વરૂપ એ દર્શાવે છે કે પરમાત્માને બાહ્ય રૂપથી નહીં પરંતુ અંતરના ભાવથી અનુભવી શકાય. આ અનોખી પરંપરા અને માન્યતાઓને કારણે પુરીના જગન્નાથજી વિશ્વભરના કરોડો ભક્તો માટે અદ્વિતીય આસ્થાનું કેન્દ્ર બની રહ્યા છે.